У чёрной горчицы острый, терпкий, вкус, чем-то напоминающий хрен. Однако острота её семян полностью исчезает при длительной тепловой обработке, поэтому для приготовления пряных и острых блюд их добавляют только в самый последний момент. А вот характерный "острый" аромат семян исчезает, наоборот, при их высушивании, однако в процессе кулинарной обработки появляется снова.

Чёрная горчица очень популярна на Востоке. Индийские повара обязательно предварительно прожаривают семена в топленом илирастительном масле, отчего они приобретают интересный ореховыйвкус и аромат, не сравнимый ни с какими другими специями. Семена черной горчицы входят в бенгальскую пряную смесь «панч-пхорон» и в южно-индийскую «самбар-поди». В Китае их в цельном или молотом виде кладут в различные соусы, фарши, овощные и мясные блюда.

Именно из чёрной горчицы во Франции делали знаменитую светлуюдижонскую горчицу (Dijon moutarde). Сейчас на ее долю приходится более половины всего мирового производства горчичной приправы, однако сегодня чаще используют семена не чёрной, аиндийской горчицы (или её смеси с белой). Для приготовления дижонской горчицы порошок очищенных от оболочки семян разводят не водой и не уксусом, а белым вином или вержю (verjus) — кислым соком незрелого винограда.