Шабсигер имеет более чем тысячелетнюю историю. Начиная с VIII века и до 1395 года край Гларус (родина шабсигера) находился во владении монастыря Зекинген. Среди налогов, которые надлежало платить, фигурировал также и белый обезжиренный сыр из Гларуса. Видимо, он казался чуть пресноватым монахиням, живущим в монастыре Закинген, и они приправляли его травами — а именно пажитником голубым. Так, собственно, и появился сыр шабсигер.

24 апреля 1463 года члены гларонской деревенской общины приняли закон, обязывающий всех производителей шабсигера вырабатывать свой продукт в соответствии со строгими предписаниями о качестве и ставить на него печать о месте происхождения. Так они сделали гларонский шабсигер сыром, защищённым по наименованию.

В наши дни шабсигер производится по тому же принципу, что и тысячу лет назад. Со свежего коровьего молока из горного района Гларус снимают пенку, потом нагревают до 90 градусов, вводят молочнокислый фермент, благодаря которому отделяют творожную массу. Первое созревание длится от четырёх до двенадцати недель. Затем творог растирается, посыпается солью и помещается в хранилище для следующего созревания от трех до восьми месяцев. На этом этапе добавляется высушенные и перемолотые листья пажитника голубого, придающие гларонскому шабсигеру его характерный зеленый цвет и пикантный вкус. Коническая форма шабсигера остаётся неизменной на протяжении многих веков.

Шабсигер едят сам по себе и добавляют его в разные блюда — пасту, картофель, салаты.